一、1956-1984年麻类科学研究时期

1955年下半年，贵州省农林厅委派农业专家、高级技师王国良到都匀专区调研，选择贵州省苎麻试验站地址。王国良等经实地考察，多方调研并与当地县委、政府协商，拟定在都匀专区独山县二区石牛坡脚下建站，并向贵州省农林厅和贵州省人民政府呈报了《建立贵州省独山苎麻试验站》专题论证报告。1956年3月，贵州省人民政府正式批准在都匀专区独山县组建“贵州省独山苎麻试验站”。

1956年5月17日，贵州省人民委员会发出了《关于省农林厅分设为农业厅和林业厅的通知》，根据国务院1956年4月19日通知精神，批准贵州省农林厅分设为农业厅和林业厅，贵州省独山苎麻试验站隶属贵州省林业厅和独山县领导。1960年，根据全省麻类生产和研究发展的需要，经贵州省人民政府批准，“贵州省独山苎麻试验站”改建为“贵州省独山麻类科学研究所”，隶属中共贵州省黔南州委员会农村工作部。1962年，经中共贵州省委员会农村工作部批准，将贵州省独山麻类科学研究所隶属关系收归贵州省农业厅。1971年3月，经贵州省农业局和黔南州革命委员会商定，将贵州省独山麻类科学研究所下放独山县领导。1974年1月，中共贵州省委明确贵州省独山麻类科学研究所重新隶属贵州省农林局，实行省、地（州）双重领导。1979年6月，经中共贵州省委组织部批准，明确贵州省独山麻类科学研究所为正县级事业单位，隶属贵州省农业厅。1984年1月，经贵州省人民政府批准，“贵州省独山麻类科学研究所”更名为“贵州省麻类科学研究所”。

二、1984-1998年麻类科学与草业科学研究时期

为贯彻省委关于重点发展畜牧业，加强牧草科学研究的指示精神，经贵州省人民政府同意，1984年11月贵州省农业厅决定设置“贵州省牧草科学研究所”，与“贵州省麻类科学研究所”实行两块牌子，一套班子，二所合一。同时开展麻类、牧草研究和技术开发。1998年12月18日贵州省机构编制委员会办公室《关于贵州省麻类科学研究所增挂贵州省草业科学研究所牌子的批复》，同意增挂“贵州省草业科学研究所”牌子。

三、1998-2016年草业科学研究时期

2001年10月15日，贵州省科学技术厅、贵州省财政厅、贵州省编制委员会等8个单位联合下文撤消“贵州省麻类科学研究所”，保留“贵州省草业科学研究所”。

2004年9月28日，根据国务院和省政府关于科技体制改革的精神，为积极稳妥的推进贵州省农业科研机构改革，整合农业科研资源，贵州省农业厅、贵州省科学技术厅、贵州省机构编制委员会联合发出了关于印发《贵州省省属农业科研机构调整重组方案》的通知，明确将贵州省农业厅管理的8个科研所整建制划归贵州省农业科学院统一管理，保留原法人资格并进行调整重组，调整重组后，贵州省草业科学研究所按社会公益类事业单位进行管理，并按原核定的164人全额拨款事业编制基数的57%为全额拨款事业人员编制。贵州省草业科学研究所在拟保留的科研机构名单中，属保留的科研所，要求在2005年12月31日前基本完成整建制划归贵州省农业科学院统一管理的移交工作。贵州省草业科学研究所在收悉省文件精神后，积极开展划转移交等各项工作，于2005年正式隶属贵州省农业科学院，并更名为“贵州省草业研究所”，为公益类独立科研机构。

2009年，贵州省农业科学院发出了关于地州八所迁址的号召，贵州省草业研究所抢抓机遇，在全院领导及上级有关部门的关心和大力支持下，将全所的发展建设、工作重心转移贵阳，积极向贵州省农业科学院总部靠拢。2009年4月29日，贵州省草业研究所与贵州省果树科学研究所在贵阳合建的科研实验楼竣工落成。2009年7月1日全所行政创新主体从贵州省独山县迁至贵阳市小河区贵州省农业科学院内。